Primul mandat al lui Nicolăescu la conducerea Ministerului Sănătățiis-a consumatîntre 2005 și 2008 și nu a fost ocolit de critici, una dintre acestea vizând programul analizelor medicale gratuite pentru populație.
Odată reinstalat în funcție, în decembrie 2012, liberalul a subliniat necesitatea stabilității sistemului și crearea unui cadru legislativ care să nu necesite modificarea la fiecare schimbare de ministru, pentru că, în opinia lui, ceea ce a lipsit Sănătății a fost tocmai „lipsa de continuitate”.
În fața comisiilor parlamentare care l-au avizat pozitiv, Eugen Nicolăescu a vorbit și despre intenția de a crește contribuția taxei pe viciu, despre reluarea unui proiect început în vechiul mandat, respectiv construirea unor spitale regionale de urgență și dezvoltarea parteneriatului public-privat, despre introducerea coplății și despre reluarea producției la Institutul „Cantacuzino”.
Totodată, Nicolăescu a mai precizat că vrea să descurajeze internările fictive, iar asta inclusiv prin stimularea preluării pacienților în ambulatoriile de specialitate.
La puțin timp după instalare, în ianuarie 2013, ministrul Sănătățiispunea căîși dorește și ca personalul medical să fie plătit după performanță, în contextul în care sistemul sanitar-asemeneacelui de învățământ -a fost mereu, după 1989, întopulsalariilor derizorii.
Pe de altă parte, Nicolăescu a anunțat, din start, că va consulta sindicatele și ceilalți „actori” din sistem cu privire la noile proiecte din domeniu.
„Actorii” din Sănătate, organizați în Coaliția Profesioniștilor din Sistemul Sanitar, nu i-au dat însă prea mult răgaz lui Nicolăescu. Nemulțumit, în principal, de salariile mici, personalul medical aamenințat încă din vară cu proteste și cu declanșarea grevei, acțiuni despre care Nicolăescu a spus că „nu se justifică” și”nu au temei real”.
Una peste alta, medicii au ieșit în stradă și au făcut grevă de avertisment, iar conflictul s-a stins, în toamna lui 2013,prin mărirea salariilor rezidenților și promisiunea că vor fi create oportunități legislative prin caremedicii din spitalele publicesă poată câștiga peste 1.000 de euro, după cum Nicolăescu anunța încă din primăvara anului trecut.
În privința reformelor din sistem, se poate spune că Eugen Nicolăescu aîncercat să fie fidel planurilor anunțate la început demandat. Astfel, deși marcate de numeroase amânări, reformulări și relansări în dezbatere publică, modificările la Legea sănătății și celelalte proiecte au părăsit, încet-încet,stadiul de intenție. Au fost lansate noile pachete de servicii medicale, lista actualizată a compensatelor șiproiectele privind statutul spitalelor și creșterea veniturilor medicilor, ultimele două, după cumpreciza Nicolăescu în 4 februarie, fiind „la avizare”.
Realitateadin spitale însă- în care lipsurile și plățile informale sunt dintotdeauna la ordinea zilei- pare să nu capete prea curând un contur optimist, iar asta o admitea chiar ministrul, în decembrie 2013. Nicolăescu recunoștea atunci că spitalele din România au lipsuri majore, care datează de 23 de ani și care se dorește să fie înlăturate prin reforma în sănătate, efectele acesteia urmând să fie simțite, probabil, începând din 2016.
Între problemele sistemului s-a numărat, și în cel de-al doilea mandat al lui Nicolăescu, și lipsa din farmacii, fie ea și temporară,a unor medicamente, cum ar fi cele pentru bolnavii de cancer.
Pentru a preveni astfel de lipsuri, Eugen Nicolăescu a semnat, în 2013,un ordin de suspendare, până la sfârșitul anului, a exportului paralel pentru toate medicamentele oncologice care sunt monitorizate din punct de vedere al riscului de epuizare. Decizia a venit după ce, potrivit ministrului, o farmacie din Ploiești ar fi cumpărat de la Compania Națională Unifarm trei medicamente pentru cancer, pe careapoi le-ar fi exportat. Ulterior, Ministerul Sănătății a avansat un proiect prin caresă reglementeze activitatea de raportare și prelucrare a datelor privind distribuția medicamentelor de către distribuitori angro, importatori și producători, una dintre măsuri vizând precizarea țării ce beneficiază de produselor vândute.
Cel mai mare scandal din al doilea mandat al lui Nicolăescu, care a fost și cel mai recent, este legat de reluarea producției de vaccinuri la Institutul „Cantacuzino”. Bifată de ministru la capitolul reușite, repunerea în funcțiune a institutului s-a dovedit a fi, în cele din urmă, un fiasco, în condițiile în care 400.000 de doze de vaccin antigripal fabricatela „Cantacuzino” au fost declarate neconforme, după depistarea unuinivel prea mare de endotoxine, decizia finalăfiind ca acestea să fie utilizate numaila adulți și numai în caz de pandemie.
În acest context, Nicolăescu a arătat cu degetul spre Agenția Națională a Medicamentului și chiar a cerut sprijin Serviciului Român de Informații, pentru a afla „ce anume a dus la influențarea calității vaccinului”. Dincolo de ipoteza unei „mâini criminale”,situația vaccinuluiprodus de „Cantacuzino” este analizatăși de experți ai Organizației Mondiale a Sănătății (OMS), chemați în România special pentru asta. Potrivit lui Nicolăescu, specialiștii OMSvor ajuta și la revizurirea procesului tehnologic la institutul care, în 2010,își pierdea autorizația de punere pe piață a produselor injectabile, inclusiv a vaccinurilor, întrucât îi expirase standardul de bune practici de fabricație.